No final de cada nível o jogador ganha exper. Percorrendo os níveis o jogador coletará os diversos ingredientes nos quais poderá fabricar armas: shurikens, venenos, elixires, granadas, minas, além da arma principal a Katana, Ninjato e Kusarigama. O jogador pode ganhar experiência ao matar inimigos e, eventualmente, ser capaz de desbloquear ninjutsu mais avançados. Pixel Shinobi é um jogo no gênero de furtividade e plataformas com elementos de RPG, no qual o jogador joga como o Shinobi (Ninja).
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